Смерть авторитету Самойлова, здавалося б, припинила бандитські розбірки, і тепер майор Попов повернувся до розшуку злочинців, намагаючись поєднати небезпечну роботу і виховання своєї дочки-підлітка. Але тимчасове затишшя загрожує бурею. Злочинні угруповання не можуть мирно уживатися на одній території: Кок, колишня «права рука» Самохіна, і Ринат, головний ворог покійного авторитету, вирішують остаточно розібратися в тому, хто буде контролювати територію. Протистояти одразу двом бандам — непросте завдання навіть для майора Попова. До того ж, у справі виявляється замішано його керівництво. Запекла кримінальна боротьба ставить під удар навіть дочку майора.
В цей же час молодий оперативник Жуків знаходить слід злочинця по кличці Яша, який у свій час приохотив брата Жукова до наркотиків. Тепер Яша — глава банди невловимих наркоторговців, яку прикриває хтось з поліції. Попов разом зі своїми операми намагається зупинити угруповання, але противник виявляється завжди на крок попереду.
Кожна з серій «Розшук-3», крім основної сюжетної лінії, розповідає про окремі злочини та їх розслідування: розбійні напади і дрібні шахрайства, жорстокі вбивства і безглузді випадки — все, з чим стикається поліція кожен день. Все це відбувається на тлі подій, якими наповнене бурхливе особисте життя Попова і його оперів.